中国水利工程协会设立秘书处，为协会理事会的日常办事机构。秘书处下设综合部、资格资质管理部、自律监管部、考核评价部、政策研究与信息服务部。

    协会秘书长主持秘书处日常工作。设副秘书长2人协助秘书长工作。各部设置主任和副主任职位。副秘书长、各部主任和副主任职位实行聘任制，由秘书长提名，理事会决定聘任。

一、综合部
1、负责组织协会内部规章制度建设，协助协会领导协调日常工作，负责重要事项的催办；
2、负责协会工作会议计划管理，负责组织会员大会、常务理事会和理事会等会务工作；
3、负责协会行政信息、对外宣传、联络、接待等工作；
4、负责协会会员管理工作；
5、协助协会领导对协会相关机构的职责调整、机构设置、人员编制的管理工作；
6、负责协会文秘、档案、文件和邮件管理工作；
7、负责财务、会计核算、财务审计工作，负责编制年度预决算报告、制定和修订财务管理制度等工作；
8、负责协会固定资产管理工作，负责资产运营及收益管理工作；
9、负责协会职工人事、劳资管理、社会保险等工作；
10、负责后勤、交通、物业管理和安全保卫、保密、信访工作；
11、负责党建和党员管理、思想政治和精神文明建设等工作，负责工会、共青团、妇女、计划生育等工作；
12、承办协会领导交办的其他工作。

二、资格资质管理部
1、负责制定水利工程行业有关单位资质及从业（执业、职业）人员资格管理规章制度；
2、负责或受委托承担水利工程行业有关单位资质管理工作；
3、负责水利工程行业有关从业人员（执业、职业）资格管理工作；
4、负责协会执业（职业）资格培训工作；
5、承办领导交办的其他工作。

三、自律监管部
1、负责制定本行业自律监管方面的行规行约，建立行业自律机制，维护会员的合法权益，维护行业内的公平竞争，协调会员关系；
2、负责水利工程行业市场主体及从业人员信用档案信息的采集、维护更新等日常管理工作；
3、负责协会从业（执业、职业）资格人员登记备案（或注册）管理工作；
4、负责制定有关水利工程行业人员教育和培训管理方面制度、标准，开展行业专业技术人员培训和继续教育工作，承担政府委托的继续教育培训和有关机构委托的教育培训工作；
5、负责组织开展行业检查，查处违反行规行约行为，配合主管部门开展行业的工程质量与安全管理工作；
6、承办领导交办的其他工作。

四、考核评价部
1、负责制定本行业有关考核评价、评估、评比等方面的制度、标准并开展相应工作；
2、负责开展水利建筑市场主体的信用等级评价工作；
3、负责组织行业评比工作，承担优质工程评审工作；
4、承担水利工程管理单位考核相关工作；
5、承办领导交办的其他工作。

五、政策研究与信息服务部
1、负责组织行业发展、行业改革及与行业利益相关问题的研究工作，组织制定行业发展规划；
2、归口组织制定行业标准、行业规范和服务标准；
3、负责组织行业统计、行业调查和发布行业信息工作，参与行业内部价格协调；
4、负责协会会员间争议调解工作；
5、代表本行业与有关政府部门、协会组织、国际组织进行对口交流、合作、谈判、争端处理工作；
6、负责行业信息管理和交流服务工作，负责协会网站、会刊、通讯等编辑出版管理工作；
7、根据行业发展需要或会员的要求，组织相关课题研究、技术攻关、项目咨询、评估、成果推广、信息交流与合作、会展招商及有关产品或服务的推介等活动；
8、开展建设项目的建设管理、咨询、监理、施工、招投标代理和合同争议调解等服务工作；
9、承办领导交办的其他工作。